Die Magie in Shadowrun ist sehr ausgetüftelt. Sie ist nicht nur zum Plätten von Gegner gedacht, sondern hat auch einen sehr taktischen Modus im Spiel.

Wände sind nicht mehr unüberwindbare Hindernisse, sondern mit Hilfe der Magie eine Art Spielzeug, welches sich beliebig benutzen lässt. Die Luft wird in kürzester Zeit zu einem tödlichen Gemisch aus Gasen, welches den Gegner kurzerhand tötet.So wird ein Soldat der nicht den Umgang mit Magie auf dem Schlachtfeld versteht, sich sehr benachteiligt fühlen.

Allerdings hat die Magie ihre Kosten. Jeder Zauber kostet eine bestimmte Menge Essenz. Natürlich wird diese Essenz nach einiger Zeit aufgebraucht je nachdem, wie viel Essenz ein Zauber benötigt.

Des Weiteren gibt es eine Schwäche. Je mehr Technologien jemand benutzt, desto weniger Magie kann verwendet werden. Falls doch mehr Magie verwendet wird als möglich ist, wird demjenigen Lebensenergie abgezogen.